IT-tipset
Mera om Medline via PubMed

I förra numret orienterade vi oss i den mycket omfångsrika medicinska databasen Medline, och vi sökte i den via PubMeds sökmotor Entrez.
Det är adressen www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez som tar oss till PubMed, den resurs på Internet som alla kan utnyttja till att fritt söka i Medline.
Här finns 12 miljoner artiklar från olika medicinska tidskrifter och vetenskapliga journaler indexerade. De flesta av dessa presenteras i form av sammanfattningar, och ett PMID-nummer som möjliggör att man kan beställa artikeln i sin helhet. Många artiklar finns även i fulltextformat.
Vi ska titta på ytterligare några av de funktioner som ställs till vårt förfogande på Entrez-PubMed.

I det här exemplet har vi utgått från en sökning på orden cancer och colon. För att en artikel i Medline ska resultera i en träff, måste alltså båda dessa ord finnas med i densamma.

Resultaten presenteras i form av länkar till Medlines arkiv, och de i sin tur visas i grupper om 20. För att titta på träff 21 – 40, klickar vi på siffran 2 efter orden Select page till höger i den nedre listen. Värdet 20 träffar per sida kan ändras från 5 till 500, och i det förra numret visade vi hur det går till.
Länkarna leder till de sammanfattningar – abstracts – som Medline har gjort av dessa artiklar. Här på resultatsidan presenteras länken med en summering av innehållet. Om man så önskar, kan man ändra denna inställning till att visa sammanfattningarna direkt i stället.
I den nedre listen finns en knapp kallad Display, direkt följd av en rullmeny där ordet Summary är förvalt. Genom att klicka på trekanten till höger i rullmenyn kommer ett antal andra alternativ att presentera sig. Här kan man markera ordet Abstract och bekräfta det med ett musklick. Sedan klickar man bara på knappen Display, och en ny sida hämtas. Den här gången presenteras sökresultatet med sammanfattningarna direkt i stället.
Det kan nog vara bra att ändra på inställningen om antalet träffar per sida, om man väljer detta sätt att presentera sökresultaten. 20 sammanfattningar per sida leder till väldigt långa sidor, som kan vara besvärliga att rulla sig igenom och som också tar lång tid att ladda. En inställning på 5 sökresultat per sida är att föredra.
Funktionen med abstract direkt i sökresultatet är väldigt praktisk om man väljer att följa utvecklingen inom något speciellt område, genom att utnyttja det faktum att sammanfattningarna presenteras kronologiskt (som vi beskrev i förra numret).

Clipboard
Vi väljer att behålla grundinställningen – med summeringen – i vårt fortsatta sökande i databasen. Orden cancer och colon ger ett mycket stort antal träffar, närmare bestämt 36985 stycken.
När man söker bland så många artiklar, kan det vara praktiskt att använda funktionen Clipboard som också finns med i nedre listen. Här kan vi lägga de artiklar som verkar intressanta när vi läser summeringen. Vi kan göra flera olika sökningar med olika söksträngar, och temporärt lägga de länkar som verkar vara intressanta på ett och samma ställe. Denna funktion medger att upp till 500 länkar sparas i Clipboard, och de försvinner därifrån när ingen aktivitet har ägt rum under en timmas tid. De försvinner också när man stänger sin webbläsare.
Det är ett mycket smidigt verktyg att använda när man skummar igenom materialet i Medline, och det är enkelt att använda. Så här gör man:

Framför varje länk i sökresultatet finns en liten ruta. Genom att klicka i rutan placeras en liten bock i densamma. Sätt en bock i rutan på de artiklar som verkar intressanta och värda ett närmare studium. Det går bra att klicka sig framåt i sökresultatet och bocka för fler. Det gör vi, och bockade även för resultat nr 30.

När man sedan bockat för dem man önskar, går man upp till listen igen och klickar på knappen Clip Add.

Datorn hämtar sidan vi befinner oss på en gång till, med den skillnaden att det nu mellan den övre och nedre listen ligger en skylt som ser ut så här:

Dessa två länkar ligger nu i PubMeds Clipboard, och de kommer att finnas där under en timmes tid.
Vi kan naturligtvis titta på dem redan nu, men vi bestämmer oss för att göra en ny sökning först. Den här gången väljer vi en ny söksträng. Entrez/PubMed hittar ett stort antal nya artiklar i Medline, och nu gör vi precis samma sak igen:
Vi markerar tre som verkar vara värda att titta närmare på med en bock i rutan framför länken. Sedan klickar vi på Clip Add i nedre listen ovanför sökresultatet. (Samma list finns också längst ned på sidan.) Nu har vi sammanlagt fem länkar i vår Clipboard.
För att ta fram dem går vi upp till den övre listen på sidan. Där, till höger under sökfältet, finns ordet Clipboard. Vi klickar där.

En ny sida öppnar sig nu, och här ligger de länkar till sammanfattningar som vi markerat. Nu kan det vara praktiskt att ändra inställningen, och låta Entrez visa sammanfattningarna direkt istället, så slipper vi att klicka fram och tillbaka för att läsa dem.
Det här är en mycket bra funktion när vi söker. Med hjälp av Clipboard kan man först skumma sig igenom resultatet av olika söksträngar, och samla ihop de som verkar intressanta på ett och samma ställe. Kom bara ihåg att man måste addera länkarna innan man ändrar något i sina sökkriterier.
I listen ovanför länkarna i Clipboard, finns knappen Clip Remove. Ett klick på den rensar hela Clipboard, och nu kan man börja om från början igen.

Bokhyllan
Till höger om länkarna i varje enskilt sökresultat finns ordet Links.

Om man ställer musmarkören här och klickar på ordet kommer en liten meny att komma fram bredvid markören. Klicka på ordet Books i denna meny.

Nu kommer vi att hamna på sidan med sammanfattningen av den artikel som ordet Links stod vid, precis som vid en vanlig sökning. Skillnaden är att den här gången är en del ord i sammanfattningen länkade till PubMeds egen bokhylla – Bookshelf.
Så här ser början av sammanställningen ut:

National Center for Biotechnology Information (NCBI) arbetar med att överföra innehållet i ett antal biomedicinska böcker till Internet. De samarbetar med PubMed, och som ett resultat kan vi söka i dessa böcker via Entrez/PubMed.
I den här sammanfattningen som visas ovanför har man skapat länkar till de böcker som idag är indexerade för webben, och det betyder att vi kan klicka på de ord som är markerade som hyperlänk – de är understrukna och presenteras i normalinställningen med blå färg.
Sammanfattningen ovan innehåller 16 länkade ord. Vi klickar på low-density lipoprotein. Resultatet blir att vi hamnar på en ny sida.

Här ser vi de böcker som finns indexerade, och som ordet vi klickade på förekommer i.
Först ser vi en miniatyrbild av själva boken, och därefter en uppgift om på hur många ställen i den som ordet förekommer. Vi får också uppgift om författare, vilken upplaga det gäller, vilket förlag som publicerat boken och vilket år den är från.
Vi vill veta vad Molecular Biology of the Cell innehåller för information om low-density lipoprotein, och klickar därför på länken 2 items direkt till höger om denna bok. Vi finner den näst längst ned i raden.
Nu kommer vi till en presentation som i de flesta avseenden liknar ett vanligt sökresultat. Artiklarna där ordet finns med presenteras med en länklista – det är två stycken, vilket vi kunde se redan innan vi klickade – och det här är den första:

Klicka på den blå, understrukna länken och vi kommer till den text i boken som nämner ordet. Vi tas till början av detta textavsnitt och kan där läsa hela texten. Vi kan naturligtvis också printa ut den eller kopiera den för att sedan klistra in den vårt ordbehandlingsprogram.
PubMeds Clipboard fungerar precis som vanligt. Vi kan alltså lägga olika resultat från olika böcker här vid en första genomgång, sedan hämta dem och läsa de utvalda mer noggrant.
Observera att vi klickade på länken direkt till höger om miniatyrbilden för att ta oss till de kapitel där de sökta ordet förekommer. Man kan också klicka på själva miniatyrbilden, men då kommer man till bokens startsida. Väl där kommer man till en översikt av bokens innehåll, och får använda bokens egen sökmotor för att ta sig vidare i densamma.

Spara text
Om man vill spara de texter man stöter på i Medline på sin egen dator kan man naturligtvis, som vi redan nämnt, kopiera den och klistra in den i sitt ordbehandlingsprogram.
Ett annat sätt är att klicka på knappen Save som finns med i nedre listen ovanför våra sökresultat.

När vi klickar där kommer vi att få upp en dialogruta, där vi får välja mellan att öppna filen från dess aktuella plats eller att spara den på disk i vår dator. Välj det senare alternativet. En ny dialogruta öppnas nu där man ska avgöra var i datorn filen ska placeras.

Här har vi valt att skapa en ny mapp i datorn som heter Texter från Medline. Det kan vara praktiskt att samla dem på ett och samma ställe. Men det går naturligtvis bra att spara dem varsomhelst på datorn.
Observera att filen alltid heter query när man hämtar den, så i det här läget är det bra att döpa om den, så man vet vad texten handlar om. Det ändrar man i rutan Filnamn.
Klicka sedan på Spara.
Nu kommer datorn att hämta hem en fil och lägga den där vi markerade. En ny ruta talar om för oss när hämtningen är färdig. När man sedan ska öppna filen får man antagligen markera med vilket program den ska öppnas. Vill man då t.ex. ha Word, så markerar man det och om rutan Använd alltid detta program för att öppna filtypen är förbockad, behöver vi inte upprepa just den här delen nästa gång vi hämtar hem en text från PubMed.

Den här proceduren är något omständig, det kan mycket väl vara så att man upplever det som enklare att bara markera texten på skärmen och sedan klistra in den i Word eller något annat ordbehandlingsprogram istället.

Kvalitetskontroll
Sammanfattningsvis kan man säga att Medline via PubMed är en fantastisk resurs som kostnadsfritt ställs till förfogande för alla – både läkare och lekmän – på Internet. National Library of Medicine (NLM) kvalitetskontrollerar och indexerar alla texter som publiceras här.
När vi får ett sökresultat kan man ofta läsa [PubMed - in process] eller [PubMed - as supplied by publisher] på de översta träffarna. Det betyder att NLM ännu inte hunnit med dessa, att det är de som hamnar längst upp beror naturligtvis på den kronologiska presentationen av resultat, där de senaste hamnar överst.
Om man – mot förmodan – skulle upptäcka ett stavfel/ annat fel efter NLMs indexering, så är de tacksamma om man hör av sig och påpekar det. Längst ned på startsidan finns det en länk som heter Write to the Help Desk. Här kan man skicka in ett meddelande där man kan påpeka detta, och NLM kommer då att undersöka artikeln ånyo.
Och till sist vill vi åter påminna om den utmärkta länken Tutorial som man finner på startsidan, där man kan få lektioner direkt på skärmen om hur man ska hantera olika funktioner i databasen.

Per Lundblad