IT-tipset
Sök i Medline via PubMed

Medline är en bibliografisk databas som drivs av the
National Library of Medicine (NLM), och den täcker de flesta
medicinvetenskapliga områden. Medline innehåller bibliografiska
uppgifter (s.k. citations) och sammanfattningar (s.k. author abstracts)
av artiklar, rapporter och avhandlingar från mer än 4 600
medicinvetenskapliga tidskrifter utgivna i USA och 70 andra länder.
Totalt finns mer än 12 miljoner texter från 1966 och fram till idag
att söka bland. De flesta av dessa är engelskspråkiga, eller har
engelska sammanfattningar.
två artiklar skall vi titta närmare på hur man navigerar i denna
gigantiska databas.
Det finns många vägar att gå för att
få tillgång till Medline. Vi kommer att använda oss av den
avgiftsfria tjänsten PubMed, som står öppen för alla via Internet.
För att ta oss dit, måste vi skriva in den här synnerligen
besvärliga adressen i adressfältet:
www4.ncbi.nlm.nih.gov/entrer
– den tar oss till startsidan.
När man är framme bör man med en gång lägga den i sina Favoriter,
så att man slipper skriva den krångliga adressen fler gånger, (se DL
7/2001).
Till
vänster på startsidan finns en meny med blå bakgrund. Här kan man
klicka på Entrez för att få läsa mer om hur den interna
sökmotor som PubMed använder sig av arbetar. Vi kan få en översikt
om hur databasen är uppbyggd genom att klicka på Overview,
hjälp att hantera våra sökningar på ett effektivt sätt under
rubriken Help, och svar på vanliga frågor (s.k. Frequently
Asked Questions på Internetspråk) under rubriken FAQ.
PubMed har också en egen sökskola som
nås om man klickar på rubriken Tutorial i vänstermenyn. Den
är mycket instruktiv och lätt att följa, då man med olika
animationer går igenom många av de finesser som PubMed ställer till
förfogande. För att kunna använda sig av dessa sidor, krävs det att
man har webbläsaren Internet Explorer, eller Netscape, båda i version
4 eller nyare. Man måste också ha programmet Macromedia Flash Player
installerat på sin dator. En länk för att kostnadsfritt ladda ner det
finns också här.
Enkel sökning
För att söka i databasen klickar man in sig
i sökfältet som löper tvärs över sidan i dess överkant och skriver
in det ord man vill söka på. Här skrev vi ordet cancer:

Se till att PubMed är markerat i rutan
till vänster om sökfältet och klicka sedan på Go-kommandot direkt
till höger. Nu söker sökmotorn i databasen och hittar alla platser
där ordet cancer nämns. Vi får en resultatsida när det är klart.
Överst på denna sida hänger sökfältet med vår sökning kvar, och
precis som i en vanlig sökmotor som t.ex. Google eller AltaVista,
presenteras resultatet i form av klickbara länkar.
Mellan sökfältet och resultatet kommer en ny informationsruta där vi
kan ställa in olika kriterier för hur resultatet av vår sökning ska
hanteras. Här ser vi informationsrutan, samt länken till det första
sökresultatet. Samma ruta finns även längst ned på sidan, efter de
första 20 länkarna.

I den undre raden i den grå
informationsrutan kan vi se att det finns 1444675 artiklar i Medline som
ordet cancer förekommer i. Dessa presenteras med länkar, och länkarna
presenteras 20 i taget.
Detta
värde är inställt som standard, men det går bra att ändra på det.
Ett klick på trekanten till höger om värdet 20, i nedre raden i
informationsrutan öppnar en rullgardinsmeny med ett antal olika värden
som man kan ställa in. Man kan välja det antal man önskar och markera
det med ett klick.
Länken presenteras med författarna till artikeln som rubrik, och med
en kort summering av innehållet. Det är rubriken som är klickbar, och
det ser man genom att författarnamnen är understrukna och presenteras
med den färg (normalt blå) som webbläsaren använder för
hyperlänkar.
Dessa länkar presenteras i kronologisk ordning, med den av Medline
senast indexerade artikeln överst. Det datum som presenteras under
summeringen är det datum som artikeln ska publiceras, d.v.s. det datum
då den tidning som innehåller artikeln kommer ut.
Det är inte ovanligt att man på detta sätt kan hitta material i
Medline som ännu inte är publicerat. Så är fallet med vår sökning
här ovan, den gjordes 21/10 och översta länken i vårt resultat leder
till en artikel som ska publiceras den 1/11!
PMID-nummer
Vi klickar på första länken, och nu tar
sökmotorn oss till en ny sida. Här finns ett s.k. abstract –
en sammanfattning – av den artikel som Medline har indexerat. Ofta är
det så långt vi kan komma när vi söker i Medline.
Efter denna sammanfattning, finner vi alltid den aktuella artikelns PMID-nummer.

Det är det här numret man ska använda
om man vill beställa hela artikeln. Det enklaste, snabbaste och
definitivt billigaste sättet att göra det på, är att man vänder sig
till sitt universitetsbibliotek eller ett annat bibliotek. Kostnaden
för detta varierar från landsting till landsting, många tar ingen
avgift alls.
Oftast kan man ha artikeln på sin fax en dag efter att beställningen
är gjord. Men en förutsättning är att man har detta PMID-nummer till
hands när man gör beställningen.
Det går att beställa artikeln genom att klicka på Order i
informationsrutan, och det är det enda sättet att göra det på om man
inte är läkare. Men det är dyrt och tidsödande.
Ofta har den tidning som artikeln publiceras i en upplaga på Internet.
I förekommande fall finns det då en länk i PubMed, placerad ovanför
sammanfattningen, som för oss till den sida på Internet där vi kan
läsa hela artikeln.

I vårt exempel är det tidningen Wiley
Interscience som publicerat artikeln, och om man klickar på
länken, kommer man att förflytta sig till deras hemsida och där kunna
läsa den i sin helhet.
Det är viktigt att påpeka att en hel del av dessa tidningar kräver
att man är prenumerant för att man ska kunna läsa deras
Internetupplagor. Om så är fallet – och det är det i vårt exempel
– kan man alltså inte logga in om man inte har det användarnamn och
lösenord som medföljer prenumerationen. Däremot går det naturligtvis
bra att via biblioteket beställa artikeln med hjälp av PMID-numret.
Olika tidningar har olika filosofi när det gäller fri tillgång till
deras material på Internet. Värd att nämna är British Medical
Journal, vars innehåll kan läsas av alla på nätet, utan att man är
registrerad prenumerant. Här leder alltså länken vid sammanfattningen
direkt till artikeln i sin helhet.
Söksträng
I vårt exempel sökte vi på ordet cancer och
det gav nästan en och en halv miljon träffar. Det är naturligtvis
fullkomligt ohanterligt som sökresultat, även om den kronologiska
sorteringen – med den färskaste artikeln överst – ändå kan göra
en sådan sökning intressant.
Om man har ett specialområde man är intresserad av, kan man ju lätt
hålla sig uppdaterad på vad som är nytt genom en Medline-sökning i
PubMed. Skriver man in sin sökning på cancer en gång i veckan t.ex.,
kommer man ju alltid att finna de senaste sammanfattningarna överst i
sitt sökresultat.
Men genom att addera ord i sökfältet kan vi begränsa sökningen. Vi
fortsätter med den vi började med och klickar in oss i sökfältet
ånyo och skriver ordet pancreas efter ordet cancer.

Sedan klickar vi på Go-knappen för att
göra om sökningen. (Vill man rensa sökfältet och skriva en helt ny
söksträng, klickar man på Clear-knappen. Då rensas sökfältet helt
från text.)
Nu får vi 37 252 träffar istället. Annars är allt som förut, vi
erhåller en länklista till materialet i Medline och dessa länkar är
sorterade i kronologisk ordning. För att ytterligare ringa in det man
söker, så adderar man flera ord till sin sökning.
Vi lägger till ordet chemotherapy till de två redan existerande orden
i sökfältet (tänk på att alltid använda engelska ord i alla
sökningar) och sökresultatet blir då 4076 träffar.
Det går naturligtvis utmärkt att skriva in namnet på läkemedel och
kombinera med de andra sökorden. Tänk då bara på att det alltid är
bäst att skriva in det generiska namnet på substansen – detta för
att samma substans kan förekomma under olika produktnamn, och att dessa
också kan variera mellan olika länder. Vi skriver in ordet cyclosporin
till de tre tidigare i sökfältet och det resulterar i 14 träffar.
Vi har alltså gått från knappt en och en halv miljon träffar till
14! Detta genom att skriva söksträngen cancer pancreas chemotherapy
cyclosporin.
Booleanska operatorer
Man behöver inte skriva några tecken
förutom mellanslag när man skriver in de ord som ska vara med i
sökningen. Alla ord som förekommer i sökfältet är tvingande, d.v.s.
de måste förekomma i samma artikel för att den ska räknas som en
träff.
Tidigare var det så att man var tvungen att använda den s.k.
Booleanska operatorn AND för att få ett sådant resultat, men det har
man alltså tagit bort. (Dessa ord kallas så efter professor Boolean,
som är dess upphovsman.) Däremot måste man använda professor
Booleans andra ord för att strukturera sin sökning. Här följer de:
|
AND =
tvingande. Båda de ord som står före respektive efter ordet
måste vara med för att artikeln ska generera en träff.
Medline stöder fortfarande denna operator, men den är alltså
inte längre nödvändig.
OR
= eller. Om man söker på två ord och anser att det räcker
att ett av dem finns med för att man ska räkna det som en
träff, skriver man denna operator. Exempel: cancer
OR chemotherapy
NOT
= ta bort. Om det ord man skrivit efter denna operator finns
med, tas det bort från sökresultatet. Exempel: cancer NOT
breast ger träffar på alla dokument som innehåller ordet
cancer men om ordet breast förekommer i samma artikel tas den
bort från sökresultatet. |
Operatorerna kan kombineras i en
sökning. Söksträngen cancer OR chemotherapy NOT breast ger 107053
träffar, för att ta ett exempel.
Observera att dessa ord måste skrivas med versaler. De måste
också stå mellan de två ord man vill applicera dem på. Ett mellanslag
mellan sökord och operator är också nödvändigt.
Om man inte skriver dessa ord med versaler, kommer sökmotorn att leta
efter dem i texten i stället och ge träff på dem. Man kan ju tänka
sig hur många artiklar i Medline som innehåller något/några av orden
and, or och not...
Tidningar och journaler
Ett annat sätt att avgränsa vår sökning
på cancer och pancreas kan vara att kombinera den med en särskild
tidning. Vi skriver cancer pancreas BMJ i sökfältet, och den
söksträngen genererar 31 träffar.

Vi finner alltså 31 olika artiklar i
Medline som innehåller orden cancer och pancreas och som har det
gemensamt att de publicerats i British Medical Journal. BMJ är den
förkortning man kan använda för tidningen, om man avser den edition
som ägnar sig åt klinisk forskning.
Skriver man istället in en söksträng med alla orden cancer pancreas
british medical journal i sökfältet får vi fler träffar, närmare
bestämt 126 stycken.
Det här beror på att när vi skriver vår söksträng på det här
sättet, letar sökmotorn efter alla dokument som innehåller de här
orden, men vi har också sagt att inget av dem behöver stå bredvid
varandra – som vi ju vill med british medical journal. Därför får
vi fler träffar.
Precis som i Google och andra sökmotorer, kan vi sätta citattecken,
"british medical journal" som flankerar de ord vi vill ska
stå tillsammans. En sådan söksträng ger 59 träffar. Att det är
fler än i den första beror på att det finns tre olika upplagor av den
här tidningen som Medline indexerar.
Om man nu inte vet vilken förkortning man ska använda för att
begränsa sökningen till den tidning man är intresserad av, kan man
få hjälp med det på PubMeds startsida.

Mitt på sidan finns en länk kallad
Journals Database som leder till en särskild underavdelning vi kan
söka i. Här skriver vi in namnet på den tidskrift vi är intresserad
av och klickar sedan som vanligt på Go.

Vi
får tre träffar. Det här är den första, och vi ser den förkortning
Medline använder efter rubriken MEDLINE Abbr: Där står det BMJ, och
på så vis får vi reda på att det är den vi ska använda.
Om vi tittar på det ursprungliga sökresultat som söksträngen cancer
pancreas BMJ gav, så ser de två översta träffarna ut så här:

För att titta på sammanfattningen av
någon av dessa, klickar vi alltså på det blå, understrukna
författarnamnet. Vi klickar på den översta. På den sida med
sammanfattningen som vi då kommer till, finns en länk som ser ut så
här:

Vi klickar på den. Ett nytt fönster
öppnar sig då i vår webbläsare, och vi hamnar på BMJs egen
webbplats. BMJ har, som tidigare nämnts, en egen hemsida på nätet som
man inte behöver vara registrerad prenumerant för att kunna ta del av
innehållet på.
Där kan vi läsa artikeln i sin helhet, komplett med bilder, diagram
och andra grafiska illustrationer. Vi kan dessutom skicka in egna
kommentarer och diskutera innehållet.
Det är viktigt att komma ihåg att vi har lämnat PubMed/Medline
när vi gör detta, och det är därför som ett nytt fönster öppnas i
webbläsaren. För att sedan komma tillbaka, stänger vi bara det nya
fönstret med krysset till höger längst upp i den blå dokumentlisten.
Under ligger det gamla fönstret – med sammanfattningen – kvar.
Sök på författare
Det går även utmärkt att söka på en eller
flera författare. Skriv då in efternamnet först, med inledande stor
bokstav. Därefter ett mellanslag och så en eller flera initialer,
även de med stor bokstav.
Tänk på att Å, Ä och Ö inte är så bra att använda i en
engelskspråkig databas. Ersätt dem med A och O istället.
En korrekt skriven sökning på DLFs ordförande ser alltså ut så
här: Stahlberg B skrivs in i sökfältet. Resultatet när vi testade
blev detta:

Den översta träffen är en artikel
publicerad i Läkartidningen i juni i år. Någon sammanfattning finns
inte – det kan vi se på meningen No abstract available som
står på tredje raden. Detta är oftast fallet med artiklar som inte
är skrivna på engelska. För att läsa den måste vi alltså använda
dess PMID-nummer och beställa den från biblioteket.
En finess är dock att vi kan klicka på länken Related articles som vi
finner långt till höger, på samma rad som författarnamnet står.
Gör vi det kommer vi att presenteras med en ny länklista, där denna
länk står kvar överst. Under den presenteras ett antal länkar till
artiklar som tar upp samma ämne – i just det här fallet hittades 102
stycken. Här ser vi de två översta:

Tillförlitlig information
Naturligtvis kan man kombinera olika kriterier
– sjukdomar, preparat, tidningar och författare i en söksträng. Det
är oftast sådana kombinationer som gör det möjligt att vaska fram
just det man är intresserad av ur det omfattande materialet.
Det är viktigt att känna till att det material som finns i Medline
inte kan sökas av andra sökmotorer. Det beror på att dessa av
säkerhetsskäl inte släpps in där.
Naturligtvis kan man söka och finna vissa artiklar via en vanlig
sökmotor på webben, men då beror det på att materialet också är
publicerat på någon annan plats på Internet – som t.ex. artikeln
från BMJ – och att det alltså inte bara finns i Medline.
Dessa högt ställda säkerhetskrav tvingar oss till PubMed. Men de
innebär samtidigt att vi också kan ha en hög tillit till den
information vi finner här.
Det är inte särskilt krångligt att söka via PubMed, och det finns en
hel del funktioner kvar att berätta om som gör det både hanterligt
och stimulerande att göra det. Dessa återkommer vi till i nästa
nummer – men lägg adressen www4.ncbi.nlm.nih.gov/entrez
i Favoritmenyn redan nu!
Per Lundblad |